Bộ Tham mưu thuộc Quân chủng Hải quân có chức năng tham mưu cho Đảng ủy và Tư lệnh Quân chủng Hải quân chỉ đạo nghiệp vụ công tác tham mưu kỹ thuật hải quân trong Quân chủng. Chỉ huy, chỉ đạo, điều hành toàn diện công tác quân sự trong Quân chủng Hải quân gồmː tác chiến, tổ chức lực lượng, huấn luyện, thông tin, cơ yếu, kỹ thuật, xây dựng chính quy.